Die Flussmeister und ihre Mitarbeiter sorgen dafür, dass an den Gewässern 1. Ordnung immer alles richtig abfließen kann. Sie entfernen Abflusshindernisse wie umgefallene Bäume und Sedimentanlagerungen. Sie pflegen Gehölze, Deiche und Böschungen. Auch Renaturierungen von Flussläufen werden teilweise durch die Flussmeistereien selbst durchgeführt, größere Maßnahmen werden an Firmen vergeben.
Jedes Jahr werden die Deiche unter die Lupe genommen. Auch andere Hochwasserschutzanlagen wie Mauern, Siele, Pumpwerke und Deichscharten müssen ständig überwacht und gewartet werden. Bei Hochwasser stehen die Fachleute aus den Flussmeistereien den Katastrophenstäben und Wasserwehren als Berater zur Seite.
Der Betrieb Elbaue / Mulde / Untere Weiße Elster hat die meisten Fluss- und Deichkilometer in seiner Zuständigkeit. Sie werden von den Flussmeistereien Bad Düben, Borna, Grimma, Leipzig und Torgau betreut. In der Flussmeisterei Grimma befindet sich eines der fünf Lager der Landesreserve zur Hochwasserbekämpfung des Freistaates Sachsen.